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山本隆一郎によるヤンキー漫画「サムライソルジャー」は、渋谷の統一を目指す最強の不良集団・ZEROと敵対するチームの抗争、かつての盟友の暴走を食い止めるべく立ち向かう主人公・藤村新太郎の戦いを描いた渋谷ギャングスタ叙事詩です。
かつて渋谷最強と呼ばれた藤村新太郎は、渋谷の治安維持を目的とする最強不良集団・ZEROのメンバーでしたが、ある事件に巻き込まれ少年院に入っていました。少年院を出所した藤村は、不良から足を洗って真面目に働くことを決意し、花屋に住み込みで働き始めます。しかし、花屋の息子が不良グループのいさかいに巻き込まれたことを受け、藤村は心ならずも不良たちと拳を交えてしまいます。その頃、平和を取り戻しつつある渋谷では、ZEROの頭・桐生達也による渋谷統一の宣言がなされ、渋谷の街は再び血の匂いが漂い始めます。かつての仲間・ZEROと彼らに反発する不良同士の血生臭い抗争を止めるべく、藤村は自らの意志で戦いの渦に入っていきます。
ある目的から渋谷統一を目指すZEROは、多摩を拠点とするカラーギャング「雪崩（ナダレ）」や、吉田率いるマーダーコープを吸収し、勢力を拡大していきます。また、渋谷では、反ZEROを掲げる組織・渋谷連合が誕生し、両者の戦いは激しさを増していきます。一方、渋谷を舞台にしたこの抗争を終わらせるべく、藤村は、構成人1名の組織「藤村新太郎」を立ち上げ、ZEROと渋谷連合の解散を目論みます。渋谷の街では、ZERO・渋谷連合・藤村新太郎による三つ巴戦が勃発するも、渋谷を出ていた桐生の帰還と、渋谷連合の幹部による麻薬密売の発覚を受け、内部抗争を起こした渋谷連合は壊滅し、ZEROに吸収されました。
渋谷の覇権を獲得したZEROによって街に平和が訪れる中、渋谷の裏社会では関東最大規模を誇る暴力団・厭根組の次期組長を巡る内部抗争が勃発していました。跡目候補には、現組長からの推薦のあった武藤裕次郎と、幹部・土熊康介が名乗りを上げ、渋谷の表世界の覇権を争う2つの不良集団に目を付け、代理戦争で決着を付けようと試みます。表と裏社会の明暗を決める厭根組の代理戦争は、渋谷全土を巻き込んだ総力戦へと拡大し、武藤はZEROを、土熊は元カオスを代表に据えます。一方、桐生が銃弾に倒されたことを受け、犯人捜しをする藤村は、武藤に到達し、彼が元カオスのナンバーワンで、桐生に銃を放った犯人、そして、一連の事態の黒幕の正体であることを突き止めます。そして、この事態を収束するべく、藤村は武藤との最終決戦に挑みます。
死闘の末、藤村は武藤に敗れますが、その場に集まった不良たちに不良としての未来を語ります。その後、土熊を殺害した池永の罪を被り逮捕されます。出所後、桐生からの手紙を頼りに、桐生が働く山梨へ向かうシーンで物語は終了します。
